Biomarker-box: un sistema informatico
Partecipanti al progetto
- Cordero Francesca (Responsabile)
Descrizione del progetto
Il progetto Biomarker-box: un sistema informatico economico ed efficiente per analizzare dati biologici in tempo reale prevedeva lo sviluppo di Biomarker-box un sistema informatico per l’analisi di dati genomici e trascrittomici basato su un hardware economico (come un home-computer o un game-computer) ed un’architettura software a microservizi, in cui le applicazioni sono suddivise in sotto-componenti, ognuna col suo compito specifico, capaci di interagire e di cooperare tra loro.
L’instanziazione di tali componenti voleva sfruttare la piattaforma open-source Docker, che implementa il concetto di container software.
Dato che la maggior parte dei programmi utilizzati nelle analisi bioinformatiche sono fortemente i/o bound e presentano uno sfruttamento limitato del parallelismo, la combinazione di un game-computer con un dispositivo di archiviazione basato su dischi allo stato solido (SSD) è in grado di raggiungere prestazioni comparabili a quelle di un server di fascia media.